Diskussioonis usuõpetuse ja usundiõpetuse üle eksitakse sageli terminitega ja selle tagajärg on teineteise vääritimõistmine. Ometi on kahe nimetatud aine erinevus piisav, et neid eristada. Usuõpetuse ja usundiõpetuse erinevus tuleneb sellest, et nende aluseks olevad teadusdistsipliinid ei kattu. Usuõpetuse puhul on alusdistsipliiniks teoloogia ehk usuteadus (Euroopas enamasti kristlik, kuid sageli ka juudi või islami teoloogia), mis lähtub ühe konkreetse religiooni veendumustest ning püüab neid veendumusi süstematiseerida ja mõtestada. Usuteadus uurib usku, kuid usku, mida tunnistavad sellega tegelejad. Kooli usuõpetuse eesmärk on kasvatada õpilastest paremaid usklikke.

Usundiõpetuse alusdistsipliiniks on seevastu religiooniuuringud. Kuigi see religioonide kõiki mõeldavaid probleeme uuriv arvukate alldistsipliinidega teadusharu on olnud ajalooliselt seotud teoloogiaga (vanimad eraldi õppetoolid selle õpetamiseks rajati ülikoolide usuteaduskondade juurde, paljud selle distsipliini uurijad on olnud ettevalmistuselt teoloogid), on tegemist iseseisva distsipliiniga, millega tegelejate hulgas on palju antropolooge, sotsiolooge, ajaloolasi ja filolooge. Kahe distsipliini olulisim erinevus ei seisne mitte „absoluutse objektiivsuse“ põhimõttes (praeguseks on selgunud, et see pole võimalik üheski humanitaarteaduses ja isegi mittehumanitaarteaduste puhul võib küsida, kuivõrd see on võimalik), vaid see, et religiooniuuringud ei lähtu ühtegi religiooni uurides uuritava religiooni põhiveendumustest, vaid uurivad neid veendumusi, nende tekkimist ja kujunemist, nende seoseid religiooni teiste aspektidega (rituaal, eetika jne) ning ühiskonna ja kultuuriga, milles see religioon eksisteerib. 

Nii uurib religiooni ajalugu usundit ajalooteaduse meetodite abil, religiooni sotsioloogia sotsioloogia meetodite ja teooriate abil jne. Kooli usundiõpetuse eesmärk on populariseerida religiooniuuringute uurimistulemusi, õpetada õpilasi mõistma religiooni kui ühte inimkultuuri ja ühiskonda oluliselt mõjutanud ja ikka veel mõjutavat nähtust ilma eesmärgita muuta neid mingi kindla usundi järgijateks. 

Usundeid ei pea koolis õpetama võrdses mahus, sest meie teadmiste hulk neist on erinev (see sõltub sellest, kas usund eksisteerib ka tänapäeval, kui suur on selle järgijate arv jne). „Objektiivsus“ ei tähenda kindlasti, et õpetaja peaks suhtuma õpetatavasse ükskõikselt. Nagu öeldud, võib ka religiooniuuringutega tegeleda mõne konkreetse usundi järgija ja ta ei pea isiklikku sidet oma religiooniga ka varjama. Ainus nõue, mis usundiõpetuse õpetajale kehtib, on suutlikkus vältida misjonit ehk õpilaste värbamist oma usundi järgijateks ning teiste usundite halvustamisest hoidumine. 

Arvestades suurte kirikute muutunud hoiakut mittekristlike usundite suhtes, mis väljendub II Vatikani kirikukogu ja ka näiteks Evangeelsete Kirikute Euroopa Osaduskonna (mille liige on ka Eesti Evangeelne Luterlik Kirik) dokumentides, ei ole sellise hoiakuga õpetajaid leida raske. Tartu Ülikooli usuteaduskonnas on võimalik õppida nii religiooniuuringuid kui ka -pedagoogikat. Arvestades usuteaduskonna kõrget teaduslikku taset ning tulevastele usundiõpetuse õpetajatele osaks saavat põhjalikku pedagoogikakoolitust, on väike võimalus, et usundiõpetuse õpetajaks võiks hakata religioosne fundamentalist, kelle eesmärk on värvata oma usundile uusi järgijaid. Olen kindel, et kui see peaks juhtuma, on olemas ka võimalus seda koheselt takistada. Enamik inimeste negatiivseid kogemusi seoses usuõpetusega, mida võidi anda ka usundiõpetuse või kultuuriloo nime all, pärinevad Eesti taasiseseisvumise ajast, mil nõuded usundiõpetuse õpetajatele puudusid ning koolidesse oli võimalik pääseda ka kirikute misjonäridel. 

Peamine hirm usundiõpetuse ees on aga tingitud sellest, et usundi- ja usuõpetusel ei tehta vahet. Seepärast on oluline selgitada nende kahe aine ja nende alusdistsipliinide erinevust.